Projekt ANGIO -- Programmaufbau von FOS
Programmaufbau der Fluß-Oberflächen-Segmentierung
Die einzelnen Pictogramme im Modul Benutzeroberfläche kann man mit
der Maus anklicken und die entsprechenden Bilder erscheinen.
Beschreibung:
Das Programm FOS (Fluß-Oberflächen-Segmentierung) besteht aus nachfolgenden 4 Modulen:
und wurde in der Programmiersprache C implementiert.
Die Benutzeroberfläche wurde mit dem Toolkit XView programmiert und genügt dem OpenLook Standard. Leider sind einige OpenLook-spezifische Verhalten nur mit dem ol(v)wm Windowmanager verfügbar. Das Programm ist allerdings unter XWindow mit jedem anderen Windowmanager auch benutzbar.
Die Benutzeroberläche ermöglicht die Darstellung verschiedenster Daten:
-
(MR)
: Die originalen Schichtbilder des 3D-MR-Datensatzes
-
(MPR)
: Beliebige Schnittbilder durch den 3D-MR-Datensatz
(Multi-Planar-Rekonstruktion).
-
(MIP)
: Pseudo 3-dim. Ansicht des originalen Datensatzes, indem aus einer
(oder mehreren) Blickrichtung(en) eine orthogonale Projektion
durchgeführt wird, wobei auf jedem Projektionsstrahl das ermittelte
Maximum als Bildpunkt im MIP eingetragen wird
(Maximum-Intensitäts-Projektion).
-
(SIP)
: Analog zum MIP, nur das nicht das Maximum, sondern die Summe auf dem
Projektionsstrahl eingetragen wird.
-
(FOS)
: Die eigentlich von FOS erzeugten Bilder. Aufgrund einer vorausgehenden
Segmentierung wird eine Oberflächenapproximation mit einer anschließenden
Gradientenschattierung durchgeführt, die eine 3-dim. Darstellung der
Gefäße erlaubt.
-
(AREA)
: Aufgrund der Segmentierung kann eine Flächenvermessung der Gefäße
durchgeführt und als Kurve dargestellt werden. Das zugeörige Gefäß wird
in FOS-Darstellung mit dargestellt.
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(FOS/MIP)
: Eine Überlagerung von FOS- und MIP-Bildern. Vorteil: Die von FOS
dargestellten Gefäße sind mit Hintergrund sichtbar.
Die Visualisierung gliedert sich in vier Bereiche:
- (MPR): Berechnen eines Schnittbildes durch den 3D-Datensatz
- (MIP): Berechnen von orthogonalen Projektion mit Maximums-Strategie
- (Surface-Fitting): Oberflächenapproximation des segm. Konturgraphs mit anschließender Gradientenschattierung
- (Stenosegradabschätzung): Splineapproximation der in geringen Abständen ermittelten Gefäßfläche und Darstellung der Fläche in Abhängigkeit vom Ort.
Die Segmentierung durchläuft nacheinander 3 Stufen:
- Pixelsegmentierung: Region Growing-Algorithmus, der bei jedem Schritt aufgrund einer Approximation (2-Niveau-Passung) den Schwellwert neu bestimmt. Abbruchkriterien sind Kontrastbewertung und Größenwachstum zum vorhergehenden Segmentationsschritt. Die erhaltenen Pixel werden als Mögliche Gefäßpixel bezeichnet.
- Komponentensegmentierung: Flutungsmodell, bei dem die Pixel mit hohem Grauwert tiefe Stellen im Gelände bilden. Flutungskomponenten werden sukzessive vergrößert aber nicht vereinigt, so daß evtl. zwischen Flutungskomponenten sog. Kontaktkomponenten entstehen können. Aufgrund einer Bewertung der Geometrie der Komponenten, werden erlaubte Verbindungen zwischen den Flutungskomponenten zum Vereinigen genutzt und unerlaubte als Verbotsmengen definiert. Die resultierenden Pixel werden als Gefäßpixel bezeichnet.
- Gefäßkontursegmentierung: Für die segmentierten Gefäßpixel wird eine Zentralstruktur ermittelt, die die Struktur der Gefäße als Graphen wiedergibt. Hier erfolgt der Übergang von der reinen Mengensegmentierung auf eine Struktursegmentierung. Der erhaltene Graph bildet dann die Grundlage für die anschließende Ermittlung der Gefäßkontur in geringen Abständen. Das Endergebnis ist mit einem Drahtgittermodell des Gefäßes vergleichbar und wird mit Konturgraph bezeichnet.
Der Gefäßatlas gliedert sich in 3 Teilbereich:
- Elektronischer Gefäßatlas: Mehrstufiger Gefäßatlas, der im wesentlichen dem Konturgraphen gleicht, jedoch erheblich stärker attributiert ist (Strukturatlas). Zu diesen Attributen zählen unter anderem auch medizinische Informationen über Häufigkeit und Vorkommen von Krankheiten (Med. Wissen). Aus diesem Strukturatlas kann ein Volumenatlas generiert werden (Volumenbild).
- Grobmatching: Affin-lineare Approximation von Landmarken des Konturgraphen des Patienten und des Strukturgraphen. Landmarken werden automatisch aus den Verzweigungspunkten der beiden Graphen bestimmt. Dahinter verbirgt sich auch die automatische Regionenauswahl aus dem Strukturgraphen, d.h. welcher Atlasregion entspricht die untersuchte Patientenregion.
- Feinmatching: Prototyp-Matching zwischen Patientenbild und Volumenbild der Atlasregion. Der Prototyp ist das Volumenbild das durch wechselseitige Optimierung der Approximationsfunktionen (Splinefunktionen) und anschließender Parameterverbesserung (Parameteriteration) auf des Patientenbild deformiert wird. Die Startparameterwahl erfolgt durch geschickte Auswertung der zugehörigen Graphen.
Walter Koller, 21.04.1995