Institut für Physiologische Chemie und Pathobiochemie

EDV-Analyse von Nukleinsäure- und Proteinsequenzen

Dozent: Prof. Dr. G. Mersmann

In dem Kurs sollen in einigen mehrstündigen, zusammenhängenden Blöcken (ca. je 2-3 h) die folgenden Themenkomplexe behandelt werden:

• Einfache Sequenzanalysen: Sequenzeingabe und -verwaltung; Auffinden von Motiven; Codon Usage; Restriktionsschnittstellen; Auffinden von Open Reading Frames; Erstellen von Proteinprofilen.
• Suche nach homologen Sequenzen: Theorie; Homologiesuche mit den Programmen FASTA und BLAST; Interpretation der Ergebnisse und Bewertung einer gefundenen Homologie
• Zugang zu Sequenzdatensammlungen und Programmen
  Banken: EMBL, GenBank, SWISS-Prot, PIR (NBFR), Spezialbanken
  Zugang: CD-ROM, lokale Programme, Download von Shareware- Programmen, Internet-Dienste: FTP, Gopher, WWW; E-Mail- Server für Daten und Programme; Account am DKFZ Heidelberg (System HUSAR)
• Weiterführende Sequenzanalyse mit dem System HUSAR: nach Bedarf

Der Kurs findet im CIP-Pool I der Medizin im Institut für Medizinische Informatik und Biomathematik, Domagkstr. 9, statt, so daß Gelegenheit zu eigenen Übungen besteht.

Kurstermin:

Montags und freitags, 8.30-10.30 Uhr

Beginn: 24.4.1995

Der Kurs wurde nach einer Unterbrechung am 26.6.95 fortgesetzt und behandelt derzeit das Programmangebot HUSAR am DKFZ-Heidelberg.

mersman@uni-muenster.de