Brutalement exposées à l'air et à la lumière après avoir longtemps séjourné dans l'eau, les oeuvres peuvent être réduites en poussière.
Les opérations d'étude et de conservation sont le fruit d'une étroite collaboration entre l'archéologue sous-marin et le spécialiste de la conservation.
À la suite du bilan général de conservation, des traitements adaptés à l'objet sont appliqués, par exemple déchloruration des métaux par électrolyse ou par plasma d'hydrogène, consolidation des bois gorgés d'eau par lyophilisation etc.